自然人投资或控股的有限公司是由两个以上的自然人投资成立的公司。而法人独资的有限公司是由某某单位单独出资作为股东设立的公司。主要是股东数量不同（一个是两个以上的自然人，一个是单位），股东性质不同（一个是自然人，一个是单位）。